上流工程のシステム開発を行うSEに必要なスキルは、クライアントの要望を具体的に引き出す能力と、その要望を基本設計に落とし込む能力です。
これらの能力は経験によって習得することも可能ですが、確かなスキルが欲しいと思うのなら、資格を取得すると良いでしょう。
システム開発の上流工程を行う上で取得しておくとよい資格は、システムアーキテクトやオラクルマスターです。

システムアーキテクトは、開発プロジェクトにおいてリーダー的な存在になり最適化されたシステムを企業に提供する能力を問う資格です。
資格を取得するとIT企業をはじめとする様々な企業で活躍することができ、特にシステム開発をメインとしている情報通信業では活躍の場が広がります。
システムアーキテクト試験の合格率は毎年13％程度で、情報処理技術者試験の中で最も難易度が高い資格です。
勉強の対策方法は、午前の試験は市販のテキストなどで対応可能ですが、午後の試験は論文試験なので、自分が今までしてきた仕事の経験が頼りになります。

オラクルマスターは、データベース関連の知識の習得に役立つ資格です。
Oracle Databaseの管理ができることを証明する資格で、多くの上流工程を担うSEが取得しています。
受験準備の間にデータベース技術者にとって必要なスキルや知識を体系的に習得でき、資格を取得すれば社内だけでなく社外でスキルを証明することができます。

上記のような資格を取得しておけば、上流工程を担うSEに必要なスキルを獲得できるでしょう。